После обновления packages перестал работать otrs с ошибками типа "error during minification of file otrs" и permission denied.

Перебрал много всего, но помогла простая операция.
удаление ......otrs/var/tmp/CacheFileStorable/Loader
еще чистил кэш js.
не лишним будет и запуск otrs.SetPermissions.pl с необходимыми параметрами.